Jundiá tem suas primeiras escrituras registradas em Olinda, Pernambuco. O nome do município foi escolhido em razão da grande quantidade de peixes da espécie jundiá encontrados no Rio Manguaba. A colonização começou a partir de uma propriedade de Gregório e Vituriana Alves e mesmo com poucas casas, a cidade garantiu seu progresso por causa da estrada de Palmares, em Pernambuco e da lavoura canavieira.

Em 1860, quando Dom Pedro II viajou à Colônia Leopoldina também passou por Jundiá, doando algumas terras da Coroa a moradores da região. Entre os pioneiros responsáveis pelo desenvolvimento do povoado estão José Alves de Lima, Francisco Carlos de Oliveira, Joaquim Carlos e Pedro Alves. Antonio Buarque abriu as primeiras lojas, formando o comércio na região. Em 1926 foi construída a primeira igreja pelo padre Francisco Gerardi, em louvor à padroeira do município, Nossa Senhora da Conceição.

O movimento pela emancipação política do município começou por volta de 1954. Tertuliano Turíbio de Araújo e João Batista de Moraes foram os líderes. Em agosto de 1960, Jundiá foi emancipado de Porto Calvo, ganhando soberania de município. Maoir enchente foi registrada em 28 de abril de 2011 chegando a água a ficar 1 metro acima da ponte de acesso aos conjuntos.